Tháng 11 năm 1966, cựu Thiếu tá USMC Donald Keyhoe và Richard H. Hall, đều là thành viên NICAP, đã thông báo sơ lược cho Ủy ban. Họ đồng ý chia sẻ hồ sơ nghiên cứu của NICAP và để cải thiện việc thu thập các báo cáo về UFO.[2] Ủy ban cũng bảo đảm sự giúp đỡ từ APRO, một nhóm nghiên cứu UFO dân sự khác. Ủy ban tiến triển chậm chạp, bị cản trở bởi những bất đồng về việc sử dụng vốn[12] và phương pháp luận.[4] Bằng cách thuê những người không có vị trí ưu tiên về UFO, nhân viên Ủy ban thiếu chuyên môn và sự tinh thông về chủ đề này.[13] Khi họ bắt đầu phân tích, các thành viên Ủy ban thường làm việc mà không phối hợp với nhau. Từng người một đều chấp nhận những cách tiếp cận đa dạng, đặc biệt là đối với giả thuyết ngoài Trái Đất (ETH).[14]

Vào cuối tháng 1 năm 1967, Condon đã nói trong một bài giảng rằng ông nghĩ rằng chính phủ không nên nghiên cứu UFO vì chủ đề này là 'vô nghĩa', thêm vào đó, "nhưng tôi không nên đưa ra kết luận này trong vòng một năm nữa."[2] Một thành viên NICAP đã từ chức khỏi NICAP để phản đối và Saunders đã đối chất với Condon để bày tỏ mối lo ngại của mình rằng sự rút lui của NICAP sẽ loại bỏ một nguồn hồ sơ vụ việc có giá trị và gây thiệt hại cho công chúng.

Tranh cãi về biên bản Low

Tháng 7 năm 1967, James E. McDonald, một người tin tưởng vào tính hợp lệ của những vụ chứng kiến UFO, đã được một thành viên Ủy ban cho biết về một biên bản mà Low viết vào ngày 9 tháng 8 năm 1966, trong đó ông trấn an hai quản trị viên của Đại học Colorado rằng họ có thể mong đợi nghiên cứu để chứng minh rằng các quan sát UFO không có cơ sở trong thực tế.[15] McDonald, sau khi tìm thấy một bản sao của biên bản trong đống hồ sơ công khai của dự án, đã viết cho Condon, trích dẫn một vài dòng từ nó.[2]

Phản ứng với biên bản này, vào ngày 30 tháng 4 năm 1968, NICAP liền cắt đứt quan hệ với Ủy ban và Keyhoe đã đem lưu hành các bản sao của biên bản Low. Báo chí đưa tin bao gồm một bài báo trong số ra tháng 5 năm 1968 của tạp chí Look, "Flying Saucer Fiasco", đăng các cuộc phỏng vấn với Saunders và Levine, mô tả chi tiết về cuộc tranh cãi và mô tả dự án là một "tiểu xảo 500.000 đô la."[16] Condon trả lời rằng bài báo đó chứa "sự giả dối và sự xuyên tạc."[17] Các tạp chí khoa học và kỹ thuật đã đưa tin về cuộc tranh cãi này.[18] Hạ Nghị sĩ J. Edward Roush nói rằng bài báo trên Look đã nêu lên "những nghi ngờ nghiêm trọng về tính khoa học và tính khách quan của dự án."[19] Ông đã tổ chức một phiên điều trần dưới sự chủ trì của các nhà phê bình của Dự án.[20] Low bị sa thải khỏi Dự án vào tháng 5 năm 1968.[21]

Một số nhà phê bình sau này về công việc của Ủy ban đã thấy rất ít lý do để tạo ra nhiều biên bản. Thành viên ủy ban David Saunders đã viết rằng "nói về Low với tư cách là một kẻ chủ mưu hay âm mưu là không công bằng và hầu như không chính xác."[22] Điều tra viên dự án Roy Craig sau này đã viết rằng biên bản không gây rắc rối cho anh ta vì Condon đã không biết đến biên bản Low trong mười tám tháng và nó không phản ánh quan điểm của anh ta.[23] Condon đã viết trong Báo cáo Cuối cùng của Dự án rằng đoạn mô tả trong biên bản của Dự án về việc nhấn mạnh "tâm lý học và xã hội học" của những người báo cáo về việc nhìn thấy UFO cho thấy Low đã hoàn toàn hiểu nhầm Dự án như thế nào khi ông viết biên bản này.[24]

Những tháng cuối cùng

Mặc dù đã rút NICAP khỏi Dự án, các thành viên của Mạng lưới Cảnh báo Sớm vẫn tiếp tục báo cáo những vụ chứng kiến UFO cho giới điều tra viên, cũng như giới nhà báo.[25]

Giới khoa học dự đoán rằng Ủy ban sẽ đề nghị chống lại việc tiếp tục nghiên cứu UFO của chính phủ đã vội vã từ chối bản in của họ trước Báo cáo Cuối cùng của Ủy ban. Với tên gọi UFO's? Yes! do chính Saunders viết ra, nó đặt câu hỏi liệu CIA có muốn chuyển hướng sự chú ý của công chúng khỏi UFO hay không. Nó đã sử dụng ba trường hợp để làm cho giả thuyết về hoạt động ngoài Trái Đất. Điều tra viên dự án Roy Craig về sau đã mô tả từng trường hợp "hoàn toàn vô nghĩa," "rất đáng ngờ," và không giải thích được nhưng rất yếu.[26]